Em março de 2005 teve início a segunda fase do projeto Co-link: a "wikização" do sistema. Wikis são software que permitem a publicação de páginas na web sem a necessidade de conhecer linguagens de programação e com o uso apenas de um browser. Os wikis utilizam uma linguagem de marcação própria, muito mais simples do que HTML, mas em alguns casos também oferecem a possibilidade de edição por meio de uma barra de ferramentas. Outra característica destes sistemas é a permissão para que qualquer interagente cadastrado, ou mesmo qualquer internauta, possa editar as páginas.

O Co-link Wiki aproveita o princípio de simplicidade dos wikis e amplia seu potencial cooperativo, permitindo a criação de links multidirecionais. Os programadores Rafael Port da Rocha e Lourenço Basso implementaram uma linguagem de marcação baseada em padrões wiki e uma barra de ferramentas para edição dos textos. O Co-link ganhou um menu que oferece a opção de criar links externos ou apontando para dentro do próprio Co-link Wiki. Todo integrante de uma comunidade pode criar novas páginas ou editar as existentes. Um histórico de links e de co-links foi criado, para que se possa acompanhar a evolução das páginas e corrigir erros ou vandalismos. Além disso, a criação de metadados pelo padrão Dublin Core foi adicionada ao sistema.