As principais linhas de pesquisa em desenvolvimento pelos pesquisadores do Laboratório de Microfósseis Calcários são:

• Sistemática e zoogeografia dos ostracodes marinhos holocênicos do Brasil;
• Paleoceanografia do Neocenozóico da margem continental brasileira com base em ostracodes, foraminíferos, cocolitoforídeos (nanofósseis calcários), isótopos estáveis e elementos-traço;
• Bioestratigrafia e paleoambientes do Terciário e Quaternário da Bacia de Pelotas, sul do Brasil;
• Ostracodes do Cretáceo do Brasil, com ênfase em bioestratigrafia e paleoambientes de bacias não-marinhas do nordeste;
• Ostracodes dulceaqüícolas e mixohalinos dos sul e sudeste do Brasil: sistemática, ecologia e zoogeografia.