Graduou-se pela Faculdade de Medicina do Rio de Janeiro em 1904, onde foi assistente voluntário do professor Antônio Austregésilo (1876-1961) na cátedra de Clínica Neurológica. No Rio trabalhou ainda como assistente extraordinário no Hospital de Alienados. Em Porto Alegre foi professor do Instituto Gymnasial Julio de Castilhos, antes de ingressar como professor assistente na Faculdade de Medicina e depois professor catedrático por concurso realizado em 1917. José Luiz Guedes permaneceu por 37 anos na cadeira de psiquiatria da Faculdade de Medicina. É bem provável que Guedes já tenha vindo para Porto Alegre com algum conhecimento de psicanálise, pois Austregésilo é considerado um dos precursores no cultivo das idéias freudianas no Rio de Janeiro. Ele publicou, dois anos depois do concurso de Guedes, o livro "Sexualidade e psiconeuroses" que já fazia referências a psicanálise (Austregésilo, 1944/1949, citado por Jabur 2001).

Guedes, juntamente Jacintho Godoy e Fábio Barros formam a primeira geração de psiquiatras do estado e ficaram conhecidos como kraepelineanos. Quando Godoy assumiu a diretoria do Hospital São Pedro, Luiz Guedes já era médico do hospital exercendo as funções de diretor técnico.