Formado pela Faculdade de Medicina de Porto Alegre em 1919, Celestino foi professor de Medicina Legal dessa mesma Faculdade, e desde 1934 passou a ministrar anualmente um curso de elementos de psicanálise como introdução ao estudo da criminologia e da psiquiatria forense. Em 1949, inicia sua análise com Werner Kemper, no Rio de Janeiro.

Celestino Prunes era um médico intelectual também freqüentador da "turma da Praça da Harmonia", juntamente a Dyonélio Machado.